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El micro que te decía es  de student agency, que te mencionan en la otra respuesta. Y haces transbordo en Brno. Tenes una media hora para boludeando por ahí y sacar algunas fotos. También te ofrecen un lugar con wifi para esperar el siguiente micro.
Acordarte que en los vuelos low cost, si despachas te facturan aparte entre 30 y 50 euros la pieza de equipaje dependiendo el vuelo y la aerolínea. En el micro te permiten despachar una pieza por pasajero.
Salutes y disfrútalo. Es un hermoso viaje!

Hola lulux, yo hice ese viaje en julio 2014 y lo mas barato que encontré fue el micro. Hay una empresa checa (estuve buscando el Ticket para pasarte el nombre pero se ve que borre el mail) que sale de Venecia, del lado continental, y te lleva a Praga en  11 hs. Aprox. Yo hice el viaje nocturno y me ahorre la noche de hostel. Los micros son cómodos, tiene wifi, enchufe, pantalla con juegos y películas, y hace varias paradas para ir al baño o comprar alimento/bebida.
Hay algunas páginas que comparan precios de varios medios de transporte (micro, avión, tren) googlea que vas a encontrarlas! Yo compre mi boleto así.
Si optas por el micro, tenes que tomarte el tren que cruza desde el archipiélago de Venecia hasta el lado continental. Cuando llegas a la estación, te bajas y caminas en el sentido contrario al que venias en el tren, y donde termina el anden hay una puertita donde no están ni los perros, te metes por ahí y salís a una plazoleta donde para el micro. No es una terminal! Pero seguro encontras algunos pasajeros tan perdidos como vos, porque es como una parada de colectivos urbanos.
El viaje es muy bueno si estas dispuesto a viajar ese tiempo, aunque solo te recomiendo hacerlo de noche. Te va a salir mucho más barato que cualquier vuelo low cost.
Saludos!